CONTENTS
- 1. 의료급여비용 지급보류처분 분쟁 관련 사건

- - 원심의 판단
- 2. 대법원이 판단한 헌법불합치결정과 병행사건의 효력

- - 법원이 스스로 법률을 위헌이라고 판단할 수 있는지
- - 헌법불합치결정 이후에도 계속 적용되는 부분
- - 병행사건에 대한 소급효 인정 여부
- 3. 판결에 대한 시사점

- - 기업이 검토해야 할 법적 리스크
- 4. 법무법인 대륜 기업변호사의 조력

- - 기업변호사의 조력
1. 의료급여비용 지급보류처분 분쟁 관련 사건
해당 사건은 의료기관 개설자가 의료법상 이른바 사무장병원 금지 규정을 위반하였다는 이유로 의료급여비용 지급보류처분을 받은 이후 해당 처분의 적법성을 둘러싸고 발생한 분쟁입니다.
원고는 의료기관 등을 개설·운영하는 의료법인이었고 피고는 원고의 설립자 및 운영자가 의료법 제33조 제2항을 위반하였다는 수사기관의 수사결과를 통보받았습니다.
이에 피고는 구 의료급여법 제11조의5 제1항을 근거로 원고에 대한 의료급여비용 지급보류처분을 하였고, 원고는 해당 처분이 위법하다고 주장하며 취소소송을 제기하였습니다.
이 사건에서는 지급보류처분 자체의 적법성 뿐만 아니라 해당 처분의 근거가 된 법률조항에 대한 헌법불합치결정이 내려진 이후 진행 중인 소송에 어떠한 법률을 적용하여야 하는지가 주요 쟁점으로 다루어졌습니다.
원심의 판단

원심은 이 사건 지급보류처분의 근거가 된 구 의료급여법 제11조의5 제1항이 헌법에 위반된다고 보아 해당 처분을 취소하였습니다.
원심 선고 당시에는 이 사건 조항 자체에 대한 헌법재판소 결정이 존재하지 않았고, 유사한 내용의 국민건강보험법 조항에 대해서만 헌법불합치결정이 내려진 상태였습니다.
그럼에도 원심은 해당 법률조항의 위헌성을 전제로 지급보류처분의 효력을 부정하였고 이에 피고가 상고하면서 사건은 대법원의 판단을 받게 되었습니다.
2. 대법원이 판단한 헌법불합치결정과 병행사건의 효력
대법원은 지급보류처분 자체의 적법성뿐만 아니라 헌법불합치결정이 내려진 법률조항을 법원이 어떻게 적용하여야 하는지에 대하여 판단하였습니다.
원심은 사실상 해당 법률조항의 위헌성을 전제로 처분을 취소하였으나, 대법원은 법원의 위헌심사 권한과 헌법불합치결정의 효력 범위를 구분하여 검토하였습니다.
특히 헌법불합치결정이 내려진 법률조항의 일부가 적용중지 상태에 있었는지, 그리고 헌법불합치결정 당시 계속 중이던 병행사건에는 어떠한 법률을 적용하여야 하는지를 중점적으로 확인하였습니다.
법원이 스스로 법률을 위헌이라고 판단할 수 있는지
헌법 제107조 제1항
법률이 헌법에 위반되는 여부가 재판의 전제가 된 경우에는 법원은 헌법재판소에 제청하여 그 심판에 의하여 재판한다.
대법원 2026. 5. 29. 선고 2023두57913 판결 中
"법원으로서는 당해 재판에 적용될 법률조항이 위헌이라는 합리적인 의심이 있다고 판단되는 경우 헌법재판소에 위헌법률심판제청을 할 수 있을 뿐, 스스로 그 법률조항이 위헌임을 전제로 재판할 수는 없다."
대법원은 헌법상 위헌법률심판 권한은 헌법재판소에 부여되어 있다고 보았습니다.
따라서 법원이 적용 법률의 위헌성이 의심된다고 하더라도 곧바로 해당 법률을 위헌으로 판단하여 재판할 수는 없고 위헌법률심판 제청 절차를 거쳐야 한다고 판단하였습니다.
결국 원심이 헌법재판소의 판단 없이 법률조항의 위헌성을 전제로 처분을 취소한 부분에 대해서는 법리상 문제가 있다고 보았습니다.
헌법불합치결정 이후에도 계속 적용되는 부분
헌법재판소 2024. 6. 27. 선고 2021헌가19 결정
구 의료급여법 제11조의5 제1항 중 의료법 제33조 제2항에 관한 부분은 헌법에 합치되지 아니한다. 다만 2025. 6. 30.을 시한으로 입법자가 개정할 때까지 계속 적용한다.
대법원은 헌법재판소가 구 의료급여법 조항에 대하여 헌법불합치결정을 하면서도 일정 기간 계속 적용을 명한 취지에 주목하였습니다.
의료급여비용 지급보류 제도 자체는 의료급여기금 재정의 건전성을 확보하기 위한 제도이므로 해당 제도의 근거규정까지 즉시 효력을 상실시키는 경우 입법목적 달성이 어려워질 수 있기 때문입니다.
이에 따라 대법원은 의료기관이 의료법 제33조 제2항을 위반한 사실이 수사기관의 수사결과로 확인된 경우 의료급여비용 지급을 보류할 수 있도록 한 근거규정 자체는 계속 적용된다고 보았습니다.
반면 지급보류처분이 취소되는 경우의 처리 기준이나, 지급보류로 인한 재산권 침해를 완화하기 위한 이자·지연손해금 등 보상제도를 두지 않은 부분은 적용중지 상태에 있었다고 판단하였습니다.
병행사건에 대한 소급효 인정 여부
대법원 2026. 5. 29. 선고 2023두57913 판결 中
"관련 헌법불합치결정 당시에 구법 조항의 위헌 여부가 쟁점이 되어 법원에 계속 중인 사건에 대하여는 관련 헌법불합치결정의 소급효가 미친다고 하여야 한다."
대법원은 헌법불합치결정 이후 개정된 의료급여법의 적용 범위에 대해서도 판단하였습니다.
일반적으로 헌법불합치결정 이후 이루어지는 개선입법의 소급적용 범위는 입법자의 재량에 속합니다.
그러나 대법원은 위헌심판의 실효성을 보장할 필요가 있다는 점을 고려하여, 적어도 헌법불합치결정 당시 법원에 계속 중이던 병행사건에 대해서는 해당 결정의 소급효를 인정하여야 한다고 보았습니다.
이에 따라 이 사건과 같이 헌법불합치결정 당시 계속 중이던 사건에 대해서는 위헌성이 제거된 현행 의료급여법을 적용하여야 한다고 판단하였습니다.
다만 의료급여기관이 의료법 제33조 제2항을 위반한 경우 의료급여비용 지급을 보류할 수 있다는 근거규정 자체는 계속 적용된다고 보아, 이 부분을 전제로 처분의 적법성을 다시 심리하도록 사건을 원심법원으로 환송하였습니다.
3. 판결에 대한 시사점
이번 판결은 헌법불합치결정이 내려진 경우 해당 법률조항 전체가 동일하게 적용중지되거나 효력을 상실하는 것은 아니라는 점을 보여주었습니다.
또한 헌법불합치결정 이후 개정법이 시행된 경우에도 진행 중인 사건의 유형과 계속 여부에 따라 적용 법률이 달라질 수 있다는 기준을 제시하였다는 점에서 의미가 있습니다.
특히 의료기관, 기업, 법인 등 규제산업 분야 사업자 입장에서는 헌법재판소 결정 결과만 확인할 것이 아니라 해당 결정의 효력 범위와 병행사건 적용 여부까지 함께 검토할 필요가 있음을 보여준 판결이라고 볼 수 있습니다.
기업이 검토해야 할 법적 리스크

이번 판결은 헌법불합치결정이 내려졌다는 이유만으로 기존 행정처분의 근거가 모두 사라지는 것은 아니라는 점을 분명히 하였습니다.
반면 헌법재판소가 위헌성을 인정한 영역에 대해서는 계속 적용이 제한될 수 있고 진행 중인 소송에서는 개정법이 적용될 가능성도 존재합니다.
따라서 의료기관뿐 아니라 각종 인허가·행정규제를 받는 기업의 경우 헌법불합치결정이 내려졌을 때 해당 법률조항이 전부 적용되는지, 일부만 적용되는지, 현재 진행 중인 사건에는 어떠한 법률이 적용되는지를 별도로 검토할 필요가 있습니다.
또한 행정처분으로 인한 손실이 발생한 경우 처분 취소 가능성뿐만 아니라 손실보상, 이자, 지연손해금 등 후속적인 재산권 회복 문제까지 함께 검토하여야 한다는 점도 이번 판결이 보여준 중요한 시사점이라고 할 수 있습니다.
4. 법무법인 대륜 기업변호사의 조력
의료기관이나 기업이 행정처분을 받은 이후 관련 법률조항에 대하여 헌법불합치결정이 내려지는 경우, 해당 결정이 진행 중인 사건에 어떠한 영향을 미치는지 여부는 별도의 법률 검토가 필요할 수 있습니다.
특히 지급보류처분, 업무정지처분, 과징금 부과처분 등 재산권과 경영활동에 직접적인 영향을 미치는 행정제재의 경우에는 적용 법률, 개정법 시행 여부, 헌법불합치결정의 효력 범위 등을 종합적으로 검토하여야 합니다.
기업변호사의 조력

의료기관과 기업이 받는 행정제재는 처분의 적법성만 검토하여 해결되는 문제가 아닙니다.
적용 법률의 위헌성 문제, 헌법불합치결정의 효력 범위, 개정법 적용 여부 등 다양한 법적 쟁점이 함께 검토되어야 하며, 진행 중인 소송의 단계에 따라 적용되는 법리가 달라질 수 있습니다.
대한민국 9위 로펌 대륜(2025년 국세청 부가가치세 신고 기준)은 기업법무, 헬스케어, 행정규제, 컴플라이언스 분야에 대한 다수의 수행 경험을 바탕으로 의료기관 및 기업을 대상으로 한 행정처분 대응, 규제 리스크 관리, 행정소송 수행 등 종합적인 법률서비스를 제공하고 있습니다.
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