관세조사 기간 이후 자료 요청에 대해 절차 위반 여부가 문제된 사건입니다. 대법원은 절차 위반이 아니라고 판단했습니다. (대법원 2025. 4. 24. 선고, 2022두45647 판결)

관세조사 위반 여부가 문제된 사건은 이렇습니다.
이번 사건의 원고는 글로벌 의류 브랜드의 한국 자회사였습니다.
스웨덴 본사가 100% 자본금을 투자해 설립된 회사로 국내에서 해당 브랜드 제품을 독점 판매했습니다.
원고 측은 2013년부터 2015년까지 의류를 수입하면서 제3국 위탁생산업체 송장 가격을 기준으로 신고했습니다.
그러나 세관은 본사가 발행한 대금청구서(Invoice)에 기재된 미지급금액이 있음에도 신고에서 빠져 있다며 이를 과세가격에 포함해야 한다고 보았습니다.
결국 약 100억 원의 관세 및 부가가치세(가산세 포함)를 추가 고지했고, 원고는 이를 취소해 달라는 소송을 제기했습니다.
관세조사는 세관이 수출입 거래의 적법성과 과세가격의 적정성을 확인하기 위해 실시하는 행정조사입니다.
실무에서 관세조사는 과세가격 산정, 특수관계자 거래, 원산지 검증, 환급세액 검토 등 다양한 쟁점을 포함합니다.
특히 해외 본사와 특수관계에 있는 기업의 경우 과세가격이 축소·왜곡되었다고 의심받을 수 있어 관세조사 리스크가 상당히 높습니다.

관세조사 위반 여부에 대해 대법원은 원심 판결을 그대로 인정하며 원고의 상고를 기각했습니다.
즉, 1심과 2심에서 확인된 판단이 모두 정당하다고 보아 최종적으로 기업(원고)의 주장을 배척한 것입니다.
대법원의 판단을 구체적으로 살펴보겠습니다.
원고는 세관이 통지한 조사기간(2015. 8. 10.~8. 28.)이 지난 뒤에도 조사를 계속했다며 조사권 남용을 주장했습니다.
그러나 대법원은 아래와 같은 이유로 세관의 후속 조치는 적법하다고 판단했습니다.
-원고가 중요한 자료(대금청구서)를 조사 종료일 직전이나 이후에 제출한 점
-세관은 현장 방문이나 강압적 조치를 하지 않고 자료 보완·설명을 요청한 점
-원고도 임의로 협력한 점
관세법은 동일 사안에 대해 원칙적으로 재조사를 금지합니다.
이는 납세자 보호를 위한 중요한 장치입니다.
대법원은 세관이 종료일 이후 실시한 조치는 새로운 조사가 아니라 기존 조사에 대한 연속적인 보완 행위에 불과하다며 재조사 금지 원칙 위반 주장을 받아들이지 않았습니다.
이는 재조사 여부를 판단할 때, 조사의 목적·기간·방법·자료 성격 등을 종합적으로 고려해야 한다는 기존 판례를 재확인한 것입니다.
관세법상 경정통지서는 원칙적으로 신청이 있어야 전자 송달이 가능합니다.
원고는 정식 신청서를 제출한 적이 없으므로 통지가 위법하다고 주장했습니다.
그러나 대법원은 아래와 같은 이유로 형식적 신청 절차가 없더라도 위법이 아니라고 판단했습니다.
-원고가 전자 교부에 사전 동의
-직원이 이의 없이 수령 확인서를 작성
-그로 인한 불이익도 없었다는 점
관세법은 과세가격을 ‘구매자가 실제로 지급하여야 할 가격’으로 규정하고 있습니다.
대법원은 아래와 같은 이유로 미지급 대금이 과세가격에 포함된다고 판시했습니다.
-본사가 발행한 대금청구서상의 미지급금액은 원고가 반드시 지급해야 할 대금
-이는 물품 거래와 직접 관련된 비용
원고는 세관에 대금청구서를 제때 제출하지 않았습니다.
대법원은 이로 인해 세관이 과세가격을 정확히 심사할 기회를 상실했으므로 정당한 사유가 없어 가산세 부과가 정당하다고 판시했습니다.
관세조사 관련 이번 사건은 기업이 관세조사 과정에서 절차적 하자를 이유로 불복을 제기했지만 인정받지 못한 사례라는 점에서 의미가 있습니다.
특히 대법원은 다음과 같은 핵심을 분명히 했습니다.
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