주요 업무사례
기업중재 관련 분쟁 중, 대륜의 중재변호사가 지방자치단체를 대리해 민간기업의 약 1억 5천만 원 반환 청구를 전부 방어해낸 실제 사례를 소개해드리겠습니다.
※ 본 업무사례는 대륜이 수행한 실제 사건으로, 부가가치세법 제29조(과세표준), 중재법 제35조(중재판정의 효력) 및 대법원 2023. 12. 28. 선고 2020두56780 판결 등에 의거하여 작성되었습니다.
기업중재 피신청인이 된 지방자치단체를 대리한 사연입니다.
대륜을 찾아주신 의뢰인은 도로 민간투자사업을 관리하던 지방자치단체 00시였습니다.
00시는 지역 내 도로 건설과 운영을 위해 민간기업 A회사와 민간투자사업 실시협약을 체결했습니다.
민간투자사업이란 민간기업이 도로 등 공공시설을 건설하거나 운영하고, 공공기관과의 협약에 따라 사업을 추진하는 방식입니다.
A회사는 해당 도로를 운영하는 사업시행자로서 00시로부터 운영비 보조금을 지급받고 있었습니다.
이 보조금은 도로의 통행료 인하와 운영비 증가 등에 따른 비용을 보전하기 위한 것이었습니다.
그런데 사업이 진행되던 중 문제가 발생했습니다.
00시가 지급한 운영비 보조금에 부가가치세 상당액이 포함되어 있었던 것입니다.
00시는 관련 세법과 국세청 질의회신, 감사자료 등을 검토한 결과 해당 보조금은 부가가치세 과세표준에 포함되지 않는 공공보조금에 해당한다고 판단했습니다.
이에 이미 지급한 보조금에서 부가가치세 상당액을 공제하고, 향후 보조금 지급 시에도 이를 제외하도록 요청했습니다.
그러나 A회사는 이러한 조치를 받아들이지 않았습니다.
"그 돈은 원래 저희가 받아야 할 운영비인데요? 00시가 마음대로 빼면 좀 곤란하죠."
A회사 측은 운영비 보조금이 도로 운영에 필요한 비용을 보전하기 위한 것이므로 부가가치세 상당액을 제외해서는 안 된다는 입장이었습니다.
특히 00시의 공제 조치로 인해 회사가 받아야 할 보조금이 줄어들었다고 주장하며,약 1억 5천만 원의 반환을 요구하며 대한상사중재원에 기업중재를 신청했습니다.
00시 입장에서는 이미 지급한 공공보조금의 처리 방식이 적법했는지, 상대 회사의 반환 청구를 받아들여야 하는지 판단받아야 하는 상황이었습니다.
이에 00시는 법무법인 대륜 중재변호사에게 사건을 위임하여 기업중재 절차에 대응을 시작했습니다.

이 사건의 핵심은 A회사에 지급한 운영비 보조금이 용역 제공의 대가인지, 공익사업 운영을 지원하기 위한 공공보조금인지에 있었습니다.
보조금이라는 명칭만으로 부가가치세 과세 여부가 결정되는 것은 아니었기에, 중재변호사는 실제 지급 목적과 재화·용역 공급의 대가관계를 종합적으로 검토하며 대응을 시작했습니다.
이 과정에서 핵심적으로 검토한 내용은 다음과 같습니다.

중재변호사는 먼저 00시와 A회사가 체결한 협약과 운영비 보조금 지급 내역을 확인하여, 해당 보조금은 ‘댓가’가 아니라 도로 운영에 필요한 비용을 ‘지원’하기 위해 지급된 돈이라는 점을 강조했습니다.
즉 00시가 공익사업을 지원하기 위해 지급한 보조금이므로, 일반적인 서비스 이용대금과 동일하게 볼 수 없다고 주장한 것입니다.
A회사는 00시가 운영비 보조금에서 부가가치세 상당액을 제외한 것은 부당하다고 주장했습니다.
이에 대륜은 부가가치세법을 검토해, 재화나 서비스의 공급과 직접 관련되지 않는 공공보조금은 부가가치세 과세 대상에서 제외될 수 있다는 점을 제시했습니다.
또한 실제 도로 서비스를 이용하는 사람은 일반 이용자이지, 보조금을 지급한 00시가 아니라는 점을 설명했습니다.
이를 근거로 해당 보조금에 부가가치세를 포함할 필요가 없으며, 00시의 공제 조치는 정당하다고 주장했습니다.
중재변호사는 00시의 주장을 뒷받침하기 위해 국세청 질의회신과 지방자치단체 감사자료, 유사한 민간 도로사업의 보조금 처리 사례 등을 검토했습니다.
또한 대법원 2023. 12. 28. 선고 2020두56780 판례를 통해 공공보조금과 서비스 제공 대금을 구분하는 법적 기준을 강조했습니다.
이는 지방자치단체가 관광열차 운영을 지원하기 위해 지급한 돈이 서비스 제공의 대가가 아니라 공공보조금에 해당하므로 서비스 공급과 직접 관련되지 않는 공공보조금은 부가가치세 과세표준에 포함되지 않는다고 판시한 판례입니다.
중재변호사는 이러한 자료를 근거로 00시가 임의로 지급 금액을 줄인 것이 아니라, 관련 법률과 보조금의 성격에 따라 부가가치세 상당액을 공제한 것이라고 주장했습니다.
마지막으로 중재변호사는 앞서 검토한 계약 내용과 법률, 관련 자료를 정리해 대한상사중재원에 답변서를 제출했습니다.
특히 A회사가 이미 부가가치세 상당액의 공제 및 환급 요청에 따라 관련 금액을 정산했던 사실도 강조했습니다.
중재변호사는 이러한 정산 경위와 보조금의 법적 성격을 종합하면 A회사가 해당 금액을 다시 돌려달라고 요구할 근거가 부족하다고 반박하며 A회사의 약 1억 5천만 원 반환 청구를 전부 기각해야 한다는 의견을 중재판정부에 전달했습니다.
대한상사중재원 중재판정부는 해당 기업중재 사건 관련 협약과 보조금의 지급 목적, 부가가치세법 및 당사자 사이의 공제·환급 경위를 검토했습니다.
그 결과 A회사의 반환 청구를 받아들이지 않았습니다.
왜 대한상사중재원이 이러한 결정을 내렸는지 살펴보면 다음과 같습니다.
첫째, 운영비 보조금이 공공사업을 지원하기 위한 금원이라는 점
둘째, 00시가 도로 운영 용역을 직접 공급받는 상대방이 아니라는 점
셋째, 부가가치세 상당액의 공제 및 환급 경위가 확인된 점
이러한 사정을 토대로 대한상사중재원은 A회사의 중재신청을 전부 기각하고, 약 300만 원의 중재비용도 A회사가 부담하도록 판정했습니다.

기업중재는 기업 간 계약분쟁뿐 아니라 기업과 지방자치단체 사이의 민간투자사업 분쟁에서도 활용될 수 있습니다.
특히 장기간 운영되는 민간투자사업에서는 보조금 정산, 계약 해석, 운영비 분담 등을 둘러싸고 분쟁이 발생하는 경우가 종종 있습니다.
다만 분쟁이 발생했다고 해서 무조건 중재를 신청할 수 있는 것은 아닙니다.
중재법 제8조에 따라 당사자 사이에 중재합의가 있어야 합니다.
중재합의란 분쟁이 발생했을 때 법원 대신 중재를 통해 해결하기로 약속하는 것으로, 계약서에 중재조항을 포함하거나 분쟁 발생 후 별도의 중재합의를 체결하는 방식으로 진행할 수 있습니다.
빠르게 살펴보는
기업중재 절차
중재 신청
신청서와 청구 근거 제출
답변서 제출
상대방의 주장에 대한 반박 및 증거 제출
중재판정부 구성
사건을 판단할 중재인 선정
심리 및 증거조사
계약서, 지급 내역, 관련 자료 검토
중재판정
중재판정부가 최종 판단
중재법 제35조에 따르면 중재판정은 원칙적으로 법원의 확정판결과 동일한 효력을 가집니다.
따라서 단순한 합의 권고나 조정 의견과 달리 당사자에게 법적 효력이 발생합니다.
다만 중재판정에 따른 금전 지급의무 등을 상대방이 자발적으로 이행하지 않는다면, 국내 중재판정의 경우 원칙적으로 법원의 집행결정을 받아 강제집행을 진행해야 합니다.
기업중재는 일반적인 민사소송과 달리 항소나 상고를 통해 다시 판단받는 절차가 없습니다.
다만 중재법 제36조에 따라 법정 사유가 있는 경우 중재판정 취소의 소를 제기할 수 있습니다.
대표적인 취소사유는 다음과 같습니다.
· 중재합의가 무효인 경우
· 중재절차에서 방어할 기회를 제대로 보장받지 못한 경우
· 중재판정부가 중재합의의 범위를 벗어나 판단한 경우
· 중재판정이 대한민국의 선량한 풍속이나 그 밖의 사회질서에 위배되는 경우
중재판정 취소의 소는 원칙적으로 판정 정본을 받은 날부터 3개월 이내에 제기해야 합니다.
다만 정정·해석 또는 추가판정이 이루어진 경우에는 기간의 기산점이 달라질 수 있으며, 중재 결과가 불리하거나 판단에 동의하지 않는다는 이유만으로 취소할 수 있는 것은 아닙니다.
기업중재를 앞둔 기업이나 공공기관 의뢰인들이 자주 하시는 질문이 있습니다.

"상대방이 계약서까지 내밀며 돈을 돌려달라는데, 어떡하죠?"
이때 중요한 것은 계약에서 정한 지급 조건과 실제 돈이 오간 이유, 법적으로 반환할 의무가 있는지입니다.
특히 민간투자사업은 계약기간이 길고 보조금, 세금, 운영비 등이 복잡하게 얽혀 있어 계약서 한 장만으로 판단하기 어렵습니다.
대한민국 9위 로펌 대륜(25년 국세청 부가가치세 신고 기준)은 이러한 복잡한 분쟁에 부장급 변호사를 중심으로 기업중재를 다수 대리해본 변호사 및 조세 분야 변호사들이 협업하는 사건 수행 시스템을 갖추고 있습니다.
이 과정에서 자체 리걸테크 시스템인 AI대륜과 축적된 사건 수행 자료를 활용해 복잡한 계약관계와 관련 법리를 검토하며 의뢰인을 조력합니다.
또한 계약서부터 실제 정산자료, 법률상 지급의무까지 면밀하게 검토해 서류작성부터 중재 절차까지 전반적으로 면밀하게 지원해드립니다.
위 사례와 같이 기업중재 피신청인 입장이 되셨다면 대륜의 🔗기업변호사 법률상담예약을 통해 논의를 시작해 보시기 바랍니다.

본 콘텐츠는 법무법인(유한) 대륜의 실제 업무 사례를 바탕으로 일부 각색하여 작성되었으며, 저작권은 당사에 귀속됩니다.
무단 전재, 복제 및 배포 등 저작권 침해 행위에 대해서는 관련 법령에 따른 조치가 이루어질 수 있습니다.
중재, 더 자세하고 빠르게 상담하고 싶다면
전문변호사해당 업무사례와 관련된 법률정보를 확인해보세요.
미국회사설립, LLC와 C-Corp 중 무엇을 선택해야 할까?
SIAC·HKIAC 국제중재 대리 로펌이 추천하는 중재기관 선택 방법
해외소송 대응 로펌과 알아보는 미국 소송 강제집행 가이드라인

로펌 대륜만의 AI·IT 기술 활용 소송 전략
240명 이상의 주요 구성원
월간 1,200+건의 사건수행경험 건수
* 2025년 월평균 기준
대한변협 광고 규정 제4조 제1호 준수
모든 상담은 전문변호사가 검토를 마친 뒤
전문적으로 진행하기에 예약제로 실시됩니다.
전화상담
1660-1037
365일 24시간 상담접수가능


온라인 상담
의뢰인을 위한
법률서비스를 제공합니다.

채팅상담
채팅으로 간편하게 상담받아보세요.
이전글
물품거래계약서 검토 후 독소조항 피해간 기업, 계약서검토변호사가 본 핵심
다음글
조세불복변호사 | 사업에서 손 뗀 뒤 부과된 8천만 원 전액 납부 취소
목록보기